對于運行中的潔凈室，末端高效過濾器的價值并不高，全部加起來可能還不到用戶幾個小時的產值，但更換末端高效過濾器的風險和間接費用會很高。更換過濾器時要停產，停產損失只有業(yè)主自己能算出來，這筆損失肯定比過濾器的備件費用高。更換高效過濾器是十分仔細的操作，潔凈室內的任何東西都可能價值昂貴，破壞一個部件其損失可能高于全部過濾器的費用。更換過濾器后要由專業(yè)人員進行檢測，有時還要對空調系統(tǒng)進行調試，還要經過一段時間的試運行。檢測、調試、試運行，三項費用加到一起，可能會與過濾器價格不相上下。聰明的業(yè)主總是希望盡可能地延長高效過濾器的使用壽命，不是為了省過濾器那幾個錢，他們是想避免因更換過濾器而產生的一堆麻煩。
要延長高效過濾器的使用壽命，較根本的辦法是將灰塵擋在預過濾器。更換預過濾器一般無須停產，無須調試，所以有經驗的業(yè)主會把注意力和金錢花在預過濾器及保護級中級過濾器上。對于10K級和100K級潔凈廠房，預過濾選用G4、中級可選用F8過濾器（比色法95％），這樣，末端高效過濾器的使用壽命一般可達5年。在國外項目中和國內新建項目中，F(xiàn)8過濾器是非均勻流潔凈室較常見的預過濾器。
有些場合，對高效過濾器使用壽命的規(guī)定不是出于對阻力的考慮，而是其它因素。若廠房中有氫氟酸，而車間空調又不是全新風系統(tǒng)，高效過濾器中的玻璃纖維濾紙會受到回風的腐蝕，為了安全，須定期更換高效過濾器。有些大的制藥廠，每年雨季過后要更換高效過濾器，為的是防止過濾器上任何可能的霉菌污染。有些生物實驗室和與危險品打交道的實驗室，在開展一項新的重要課題前，為了可靠會要求使用新的高效過濾器。
初效過濾器一般2-3個月更換一次，每半年更換一次，這樣高效過濾器的壽命一般能在2年以上；
但為保護后級高級別過濾器使用及保障潔凈室安全運行，許多聰明的業(yè)主每月更換初效，每3個月更換中效及亞高G效（或者前面所述風柜內末段選用高效做保護過濾器），這樣可以保證高效過濾器5年（甚至10年）以上的使用壽命，而且因為更換后的新過濾器阻力小，空調負荷大大減少，而過濾器更換的費用遠小于空調運行所需的電費，頻繁更換前級預過濾器實際上是使空調在低阻力負荷下運行，節(jié)省了大量電費；
